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病毒组文章

PLOS Pathogens | RdRp 单个氨基酸替换降低类 NADC30 猪繁殖与呼吸综合征病毒 2 型的重组频率

Xingyang Cui ,Hao Song ,Xinyi Huang ,Dasong Xia ,Yongbo Yang,Xiaoxiao Tian,Tao Wang,Guoqing Liu,Zameel Saleem,Haiwei Wang ,Tongqing An

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Nature Communications | 孕期肠道病毒组的纵向动态与早产代谢特征相关

近日，四川大学华西第二医院潘雄飞团队、安徽医科大学黄以超团队、清华大学基础医学院梁冠翔团队、华中科技大学同济医学院潘安团队携手在国际顶级期刊《Nature Communications》发表重磅研究成果 ——《Longitudinal dynamics of the maternal gut virome associate with metabolic features of preterm birth》（点击阅读文章详细解读）。该研究为孕期肠道病毒组的纵向动态与早产代谢特征的内在联系提供队列证据，阐明母体肠道病毒组生态失稳可通过调控宿主氨基酸代谢、炎症反应参与早产发生，建立的病毒‑代谢多组学模型对早产具备良好预测效能，拓展了早产发病机制的认知边界。

Xianyue Jiao, Yunhaonan Yang, Fan Li, Ju-Sheng Zheng, Yuwei Lai, Bowen Li, Tianlei Wang, Yidan Dong, Yuxiang Wang, Yingru Li, Rui Li, Zibo Wu, Gan Wu, Jiaying Yuan, Shanshan Zhang, Shuo Li, Gang Liu, Jing Shi, Fei Xiong, An Pan, Guanxiang Liang, Yichao Huang & Xiong-Fei Pan

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Gut Microbes | 肠道病毒组失调通过调控肠道细菌组参与早发性卵巢功能不全的发生发展

近日，山东大学齐鲁医院张群业团队和山东大学王哲团队在国际顶级期刊《Gut Microbes》发表重磅研究成果 ——《Gut virome dysbiosis contributes to premature ovarian insufficiency by modulating gut bacteriome》（点击阅读文章详细解读）。该研究为早发性卵巢功能不全领域的科学探索带来多项关键突破，具有重要的理论创新与临床转化价值。

Jiajia Jin , Guixiang Yao , Xinjie Zhang , Tongxue Zhang, Hengbo Ye , Xiaoming Zhou , Yang Yu , Yating Zhao , Zihan Qin , Haiyan Chen , Ye Bi , Xiaowei Wang , Xiaoyu Ren , Yun Zhang , Zhe Wang , Qunye Zhang

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Nature Microbiology | Vientovirus 病毒衣壳蛋白模拟自身抗原并促进干燥综合征的自身免疫

Xinwei Zhang, Yan Li, Yang Qin, Zhangdi Liao, Chaoqiong Deng, Yangchun Chen, Yan Li, Hongyan Qian, Yan He, Shiju Chen, Guixiu Shi & Yuan Liu

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mSystems | 利用宏转录组学和宏基因组测序在中国全国范围内发现与猪呼吸道疾病相关的病毒和细菌

猪呼吸系统疾病（RD）是全球养猪业的面临的主要威胁，可导致显著死亡率、生产力下降及经济损失，目前对RD相关病原体（病毒、细菌）的种类、流行特征、共感染模式及相互作用的认知仍有限，且抗菌药物耐药基因（ARGs）的分布及其传播风险也亟待明确。

中国作为全球最大的猪肉生产和消费国，猪呼吸系统疾病带来的影响尤为突出，本研究旨在通过宏转录组和宏基因组测序，在全国范围内解析与猪呼吸系统疾病相关的病毒、细菌及其相互作用，同时探究耐药基因的特征，为疾病防控提供依据。

Xi Huang , Xinzhi Yao , Wenbo Song , Mengfei Zhao , Zhanwei Zhu , Hanyuan Liu, Xiaorong Song , Jingwen Huang, Yongrun Chen , Zihao Wang, Changjiang Peng , Wenqing Wu , Hao Yang, Lin Hua , Huanchun Chen , Bin Wu , Zhong Peng #

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Animal Microbiome: 中国贵州省野外采集的三带喙库蚊（双翅目：蚊科）中 Quang Binh virus 的鉴定及遗传特征

蚊子携带多种可致人类、动物及家畜疾病的病毒。对野生蚊子携带病毒的调查对监测工作和早期预警系统意义重大。除了蚊媒病毒，蚊子还携带许多昆虫特异性病毒（ISVs），其中 Quang Binh virus（QBV）就是一种，属于黄病毒属（Flavivirus）。QBV 在越南和中国有相关报道，且仅限于几种蚊子。

Ning Cui ; Xiao Yang ;Hong Sui ; Liugang Tan; Weihua Wang ; Shuai Su ;Lihong Qi ; Qinghua Huang ;Nataliia Hrabchenko ;Chuantian Xu ;

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Transl Psychiatry：从生态失衡到神经炎症的因果链

精神分裂症（Schizophrenia, SCZ）是一种以认知功能障碍、幻觉和思维紊乱为特征的复杂精神疾病，全球患病率约0.7%。尽管遗传和环境因素共同参与其发病机制，但具体生物学通路仍不明确。近年，“肠-脑轴”理论提出肠道微生物群可能通过代谢、免疫和神经递质途径调控中枢神经系统功能。已有研究证实，SCZ患者肠道细菌组的组成和功能显著异常，但肠道病毒组（尤其是噬菌体）的作用及其与宿主代谢的交互机制尚未阐明。

Tao, S., Wu, Y., Xiao, L. et al. Alterations in fecal bacteriome virome interplay and microbiota-derived dysfunction in patients with schizophrenia. Transl Psychiatry 15, 35 (2025). https://doi.org/10.1038/s41398-025-03239-0

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Microbiol Spectr：慢性阻塞性肺病患者的肠道病毒组变化

近年来，病毒宏基因组学的进步揭示了肠道病毒组在人类健康和疾病中的重要作用，包括与宿主免疫系统的相互作用以及对代谢的调节。根据肠-肺轴的概念，肠道微生物群可以影响呼吸和肺部免疫，这暗示了肠道微生物组在调节包括COPD在内的呼吸和肺部疾病的炎症反应中的关键作用。

Liu Y, Huang Q, Zhuang Z, Yang H, Gou X, Xu T, Liu K, Wang J, Liu B, Gao P, Cao F, Yang B, Zhang C, Chen M, Fan G.2024.Gut virome alterations in patients with chronic obstructive pulmonary disease. Microbiol Spectr12:e04287-23.https://doi.org/10.1128/spectrum.04287-23

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Animal Microbiome：腹泻型丹顶鹤的病毒组特征

山东省农业科学院的崔宁老师等在Animal Microbiome发表了一篇题为Virome characterization of diarrheic red-crowned crane（G. japonensis）的研究论文，该研究检测和表征了山东省东营生物圈保护区内圈养繁殖的丹顶鹤的病毒组，并探索了导致圈养丹顶鹤腹泻死亡的可能的病毒病因。

Cui, N., Yang, X., Sui, H. et al. Virome characterization of diarrheic red-crowned crane (G. japonensis). anim microbiome 6, 8 (2024). https://doi.org/10.1186/s42523-024-00299-3

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Gut Microbes：肠道病毒组的改变与II型糖尿病和糖尿病肾病相关

该研究重点探索T2D患者肠道病毒组的变化及其与肠道细菌的关系，探讨病毒组的变化是否与DN有关，以增加对肠道微生物群在T2D及其并发症发病机制中作用的了解，也为代谢性疾病的诊断和治疗提供新的线索。

Fan G, Cao F, Kuang T, Yi H, Zhao C, Wang L, Peng J, Zhuang Z, Xu T, Luo Y, Xie Y, Li H, Zhang K, Zeng Y, Zhang X, Peng S, Qiu X, Zhou D, Liang H, Yang B, Kang J, Liu Y, Zhang Y. Alterations in the gut virome are associated with type 2 diabetes and diabetic nephropathy. Gut Microbes. 2023 Jan-Dec;15(1):2226925. doi: 10.1080/19490976.2023.2226925. PMID: 37349979; PMCID: PMC10291934.

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噬菌体文章

He P, Cao F, Qu Q, Geng H, Yang X, Xu T, Wang R, Jia X, Lu M, Zeng P, Luan G. Host range expansion of Acinetobacter phage vB_Ab4_Hep4 driven by a spontaneous tail tubular mutation. Front Cell Infect Microbiol. 2024 Feb 16;14:1301089. doi: 10.3389/fcimb.20

Qu Q, Chen T, He P, Geng H, Zeng P, Luan G. Isolation and characterization of a novel lytic bacteriophage vB_Efm_LG62 infecting Enterococcus faecium. Virus Genes.

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其他文章

Zeng, X., Guo, Y., Xu, Q. et al. Origin and evolution of qingke barley in Tibet. Nat Commun 9, 5433 (2018).

Zeng, X., Xu, T., Ling, Z. et al. An improved high-quality genome assembly and annotation of Tibetan hulless barley. Sci Data 7, 139 (2020).

Liu W, Chen M, Bai L, Zhuang Z, Fan C, Jiang N, Zhao J, Ma S, Xiang X. Comprehensive transcriptomics and proteomics analyses of pollinated and parthenocarpic litchi (Litchi chinensis Sonn.) fruits during early development. Sci Rep. 2017.

Shi X, Wu J, Mensah RA, Tian N, Liu J, Liu F, Chen J, Che J, Guo Y, Wu B, Zhong G, Cheng C. Genome-Wide Identification and Characterization of UTR-Introns of Citrus sinensis. Int J Mol Sci. 2020.

Li, G., Yang, Q., Li, D., Zhang, T., Yang, L., Qin, J., Tang, B., Guo, X., Cao, Y., You, S., Li, Z., Luo, J., Wan, X., Liu, Y., Huang, F., Guo, L., Jiang, K. and Zheng, J. (2021), Genome-wide SNP discovery and QTL mapping for economic traits in a recombinant inbred line of Oryza sativa. Food Energy Secur.

Chen X, Tao Y, Ali A, Zhuang Z, Guo D, Guo Q, Riaz A, Zhang H, Xu P, Liao Y, Wang J, Sun C, Xiang Q, Wu X. Transcriptome and Proteome Profiling of Different Colored Rice Reveals Physiological Dynamics Involved in the Flavonoid Pathway. Int J Mol Sci. 2019 .

Zhoufeng Wang*; Kailing Tu*; Lin Xia*; Kai Luo*; Wenxin Luo*; Jie Tang; Keying Lu;Xinlei Hu; Yijing He; Wenliang Qiao; Yongzhao Zhou; Jun Zhang; Feng Cao; Shuiping Dai;Panwen Tian; Ye Wang; Lunxu Liu; Guowei Che; Qinghua Zhou; Dan Xie(#) and WeiminLi(#), The Open Chromatin Landscape of Non-small Cell Lung Carcinoma. Cancer Research.

Feng Cao*, Ailin Wei* , Xinlei Hu, Yijing He, Jun Zhang, Lin Xia, kailing Tu, Jue Yuan, Ziheng Guo, Hongying Liu, Dan Xie, Ang Li. Integrated Epigenetic Biomarkers in Circulating Cell-free DNA as a Robust Classifier for Pancreatic Cancer. Clinical Epigenetics.

Jiankun Y , Lichao Y , Baixue L , Yang Bin，et al. iTRAQ-Based Proteomics Identification of Serum Biomarkers of Two Chronic Hepatitis B Subtypes Diagnosed by Traditional Chinese Medicine[J]. BioMed Research Internationa.

Song Lingjie#, Yang Xianggui#, Huang Jinwei, Zhu Xiaokui, Han Guohui, Wan Yan, Xu Ying, Luan Guangxin*, Jia Xu*.(2021) Phage Selective Pressure Reduces Virulence of Hypervirulent Klebsiella pneumoniae Through Mutation of the wzc Gene .Frontiers in Microbiology.

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