传统微生物组

产品简介
 去宿主宏基因组测序(LowHost-Metagenomics Sequencing) 是在常规宏基因组测序的基础上，针对宿主污染比较多、微生物含量比较低的样本，去除宿主DNA后再进行宏基因组建库测序分析。去宿主技术可降低宿主污染DNA的比例，显著提高微生物reads占比，从而更好地进行宏基因组组装，更有利于研究微生物种群结构、基因功能活性、微生物之间的相互协作关系以及微生物与环境之间的关系。
去宿主技术摆脱了常规宏基因组技术针对宿主高污染样本无法进行宏基因组组装的缺陷，为宏基因组学研究提供了更多可能。

技术路线
样本处理---去宿主处理---基因组DNA提取---文库构建---高通量测序---生物信息分析

分析内容
【基础版】
(1)基础数据处理
1. 数据质控
2.低质量reads过滤 
(2)二代数据组装
3.序列组装
4.基因预测，ORF预测 
(3)物种与功能注释
5.NR、KEGG、eggNOG 数据注释 
6.CAZy、ARDB 数据库注释 
7.毒力因子 数据库注释 
(4)物种与功能组成分析
8.多样本比较UpSetR 图 
9.物种Heatmap 图 
(5)多样本比较分析
10.主成分分析（PCA）
11.主坐标分析（PCoA）
12.非度量多维度尺度分析（NMDS）
13.相似性分析（ANOSIM）
14. 置换多因素方差分析（PERMANOVA）
15.多响应置换过程分析（MRPP） 
16.多元分散置换检验（PERMDISP） 
(6)物种与功能差异分析  
17.Wilcoxon 秩和检验 
18.组间LEfSe 差异判别分析

【标准版】
19.环境因子关联分析（可选）
20.网络分析

【定制版】
21.根据研究需求定制分析内容

应用方向
微生物组与人体健康：通过宏基因组技术探索人体微生物群落与疾病之间的作用关系，为疾病提供新的生物标志物。
微生物组与动物健康：通过宏基因组技术揭示动物疾病与微生物群落的相关性，鉴定新发病原体及筛选疾病防控的新药物和新制剂等，利于畜禽业的健康发展、降低食源性疾病传播给人类的风险。
微生物组与土壤健康：通过宏基因组技术发掘土壤微生物特征与土壤生态系统功能之间的关系，促进土壤健康及提高农业可持续生产能力。

交付标准
数据：6-10G raw data
分析：我们根据客户的需求提供不同的交付标准，分别为标准版和定制版。
周期：标准版40个工作日，其它标准根据样本情况确定。

样品要求
详细要求，请参考《基因帮样本采集建议》

特殊说明
本产品需要提前评估，不保证去除效率。