绝对定量微生物组

二代及三代测序得到的丰度数据都是从原始测序数据均一化之后得到的相对丰度,即一百万条序列中物种的比例,也就是我们所说的相对定量(RMP),然而真实世界中的环境比较复杂,微生物的总量很难像基因表达一样可以在同一总量下进行比较,并且微生物的负荷对宿主的影响非常关键。在微生物组研究中只用相对丰度进行比较研究就会受到极大限制,所以绝对定量(QMP)在微生物组学研究中就显得极为关键,这也是为什么近年来众多科学家提出需要开展绝对定量研究的原因。

绝对定量宏基因组

产品介绍
基因帮绝对定量宏基因组采用的是 qPCR 法,即通过高通量测序得到的相对丰度和定量PCR获得的总微生物(细菌)数量实现各种微生物的绝对定量。基于基因帮优化设计的微生物定量PCR体系,对广泛的16S rRNA 基因开展定量 PCR 检测,再结合特16S rRNA 基因标准品绘制的标准曲线来评估细菌总量,并对同一样本进行高通量宏基因组测序获得各细菌的相对丰度,最后通过 16S rRNA 基因的拷贝数较正来计算各细菌的绝对数量,能够一次获得所有细菌的绝对定量结果,包括总数量和每种细菌的数量。
 



优势
不受外源序列影响,测序结果更准确。采用独立的 qPCR 体系,不引入外源序列,保持样本原始状态,测序可以获得更准确的相对丰度。
结果各自独立,互不干扰。独立的 qPCR 体系和独立的测序体系,同一份样本的两个结果相互独立,互不干扰,可独立分析也可以合并分析。
 



技术标准

实验流程
 

宏基因组实验流程-新.png



分析流程

 

宏基因组分析流程-新.png



交付标准

数据:10G raw data

分析:宏基因组分析报告(标准分析+绝对定量分析及联合分析)

周期:40 个工作日

案例文献:Quantitative microbiome profiling links gut community variation to microbial load
目前大多数对于肠道微生物菌群结构的研究并不能体现出具体微生物数量改变给宿主带来的影响。这些研究相对忽略了整体微生物丰度变化可能是引起宿主产生疾病的主要原因。本研究从健康个体和克罗恩病患者的粪便中收集新鲜样本,使用流式细胞计数和 qPCR 来评估微生物载量,在健康个体中观察到微生物负荷存在高达十倍的差异,并将其与肠道菌群类型(enterotype)的分化联系起来;使用相对定量分析(RMP)和绝对定量分析(QMP)在评估克罗恩病相关的微生物组变化时,显示出显著的差异,并揭示了类杆菌和普雷沃氏菌之间的平衡只是以前微生物相对定量分析的一种假象。这些结果强调了在微生物组研究中使用绝对定量方法的重要性,并指出了相对丰度分析可能带来的局限性。

绝对定量宏基因组文献640.jpg

 

 

 

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